ENLACE FOSFODIESTER PDF

Enlace fosfodiester para unir dos nucleótidos. Apareamiento de bases complementarias en la doble hélice de ADN Estructura del ADN. PENTOSA BASE NITROGENADA GRUPO FOSFATO Nucleótido Condensación ADN Ácido Ribonucleico Estructura de los Ácidos Nucleicos. Reconocer la estructura molecular que hay en común en los tres grandes reinos. Identificar los diferentes tipos de ARN. Analizar las funciones.

Author: Gujar Doujas
Country: Montenegro
Language: English (Spanish)
Genre: Travel
Published (Last): 2 June 2015
Pages: 474
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ISBN: 516-4-76239-860-1
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Secuenciacion de acidos nucleicos de alto rendimiento por expansion Nucleic acid sequencing by high fosfodiestsr expansion. La presente invencion esta generalmente relacionada con la secuenciacion de acidos nucleicos, asf como con metodos relacionados con la misma.

phosphodiester bonds

The present invention relates generally to nucleic acid sequencing, asf as methods related thereto. Descripcion de la tecnica relacionada Description of Related Art. Las secuencias de acidos nucleicos codifican la informacion necesaria para que los seres vivos funcionen y se reproduzcan, y son esencialmente un diseno de vida. The nucleic acid sequences encoding the necessary information for living things function and reproduce, and are essentially a design life. En medicina, las herramientas de secuenciacion pueden usarse para diagnosticar y desarrollar tratamientos para diversas patologfas, que incluyen cancer, enfermedad cardfaca, trastornos autoinmunitarios, esclerosis multiple u obesidad.

In medicine, sequencing tools can be used to diagnose and develop treatments for various patologfas, including cancer, cardfaca disease, autoimmune disorders, multiple sclerosis or obese. En la industria, la secuenciacion puede usarse para disenar procesos enzimaticos u organismos sinteticos mejorados.

In industry, the sequencing can be used to design improved enzymatic or synthetic organisms. En biologfa, tales herramientas pueden usarse para estudiar la salud de ecosistemas, por ejemplo, y asf tener una amplia gama de utilidad. In biology, such tools can be used to study the health of ecosystems, for example, and ASF have a wide range of utility.

Una secuencia de ADN unica del individuo proporciona informacion valiosa referente a su susceptibilidad a ciertas enfermedades. A unique DNA sequence of the individual provides valuable information regarding their susceptibility to certain diseases.

La secuencia proporcionara a los pacientes la oportunidad de cribar para la deteccion temprana y para recibir tratamiento preventivo. The sequence will provide the opportunity to screen patients for early detection and for preventive treatment. Ademas, dado el proyecto individual de un paciente, los profesionales clmicos seran capaces de administrar terapia personalizada para maximizar la eficacia de los farmacos y para minimizar el riesgo de una respuesta adversa a farmacos.

Moreover, since the individual project of a patient, the clmicos professionals will be able to manage personalized therapy to maximize drug efficacy and to minimize the risk of an adverse drug response.

ES T3 – Analogos De Oligonucleotidos. – The Lens – Free & Open Patent and Scholarly Search

Similarmente, la determinacion del proyecto de los organismos patogenos puede conducir a nuevos tratamientos para enfermedades infecciosas y supervision de patogenos mas robusta. Similarly, the determination of project Pathogenic organisms may lead to new treatments for infectious diseases and supervision of more robust pathogens.

La secuenciacion de ADN del genoma completo proporcionara la base para la medicina moderna. DNA sequencing of the entire genome will provide the basis for modern medicine. La secuenciacion de ADN es el proceso de determinacion del orden de los constituyentes qmmicos de un polfmero de ADN dado. Estos constituyentes qmmicos, que se llaman nucleotidos, existen en el ADN en cuatro formas comunes: These qmmicos constituents which are called nucleotides, exist in DNA in four common forms: La secuenciacion de un genoma humano diploide requiere determinar el orden secuencial de aproximadamente 6 billones de nucleotidos.

Sequencing of a diploid human genome requires determining the sequential order of about 6 trillion nucleotides. Actualmente, la mayor parte de la secuenciacion de ADN se realiza usando el metodo de terminacion fosffodiester cadenas desarrollado por Frederick Fosfodiedter. Currently, most DNA sequencing is performed using the chain termination method developed by Frederick Sanger.

Esta tecnica, llamada secuenciacion fodfodiester Sanger, usa la terminacion espedfica de secuencia eblace la smtesis de ADN y sustratos indicadores de nucleotidos fluorescentemente modificados para derivar la informacion de secuencias.

EST3 – Nucleic acid sequencing by high performance expansion – Google Patents

This technique, called Sanger sequencing, using espedfica termination sequence of DNA smtesis substrates and indicators fluorescently modified nucleotides to derive sequence information. Este metodo secuencia una hebra de acido nucleico diana, o longitud de lectura, de hasta bases de longitud usando una reaccion en cadena de la polimerasa modificada.

This method sequence a strand of target nucleic acid, or read length, up to bases in length using a chain reaction modified polymerase. En esta reaccion modificada la secuenciacion se interrumpe aleatoriamente en tipos de bases seleccionados A, C, G o T y las longitudes de las secuencias interrumpidas se determinan por electroforesis en gel capilar.

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In this modified reaction is interrupted the sequencing randomly selected types of bases A, C, G or T and the lengths of the interrupted sequences are determined by capillary gel electrophoresis. La longitud determina entonces que tipo de base esta localizado en esa longitud. The length then determines what type of base is located at that length.

Se producen muchas longitudes de lectura solapantes y sus secuencias se solapan usando procesamiento de datos para determinar el ajuste mas fiable de los datos. Este proceso de produccion de longitudes de lectura de secuencia es muy laborioso y caro y ahora esta siendo sustituido por metodos nuevos que tienen mayor eficiencia.

This production process of sequence read lengths is very laborious and expensive and is now being replaced by new methods with greater efficiency. Se uso el metodo de Sanger para proporcionar la mayona de los datos de secuencia en el Proyecto Genoma Humano que genero la primera secuencia completa del genoma humano. Este proyecto tuvo lugar durante 10 anos y casi 3 billones de dolares para completarse.

This project took place for 10 years and nearly 3 trillion dollars to complete. Dadas estas significativas limitaciones de rendimiento y coste, es evidente que las tecnologfas de secuenciacion de ADN necesitaran mejorar drasticamente con el fin de lograr los objetivos establecidos propuestos por la comunidad cientffica.

Given these significant performance and cost constraints, it is clear that tecnologfas DNA sequencing will need to improve drastically in order to achieve the stated objectives proposed by the scientific community.

Para este fin, varias tecnologfas de foxfodiester generacion, que superaron con creces las limitaciones basicas de rendimiento y coste de la secuenciacion de Sanger, estan consiguiendo una cuota cada vez mayor del mercado de la secuenciacion.

To this end, several tecnologfas second generation, which far exceeded the basic performance and cost limitations of Sanger sequencing, rnlace getting increasing market share sequencing. Todavfa these methods of “sequencing by smtesis” fall short in achieving the goals of performance, cost and quality required by markets such as sequencing the entire genome for personalized medicine.

Por ejemplo, Life Sciences esta produciendo instrumentos por ejemplo, el secuenciador del genoma que puede procesar millones de bases en 7,5 horas con una longitud de lectura promedio de nucleotidos. For example, Life Sciences is producing instruments for example, the sequencer genome that can process million bases in 7. Their approach uses fksfodiester variation of the polymerase chain reaction “PCR” to produce a eblace colony target nucleic acid, hundreds of bases in length, on the surface of a bead.

Este proceso se llama PCR en emulsion. This process is called PCR in emulsion. Hundreds of thousands of such beads are then arranged on a “plate picotftulo”. La placa se fosodiester entonces para una secuenciacion adicional por la cual cada tipo de base de acido nucleico se lava secuencialmente sobre la placa.

The plate is then prepared for an additional sequencing by which each type of nucleic acid base is washed sequentially onto the plate. Las perlas con diana que incorporan la base producen un subproducto de pirofosfato que puede usarse para catalizar una reaccion que produce luz que entonces se detecta con una camara.

The beads with target base incorporating pyrophosphate produce a byproduct that can be used to catalyze a reaction that produces light which is then detected with a camera. La longitud de lectura promedio para el dosfodiester 1G de Illumina es The average reading length for the analyzer is Illumina 1G. En lugar de usar PCR en emulsion para amplificar dianas de secuencia, Illumina tiene un enfoque para amplificar colonias por PCR sobre una superficie de matriz. Tanto los enfoques como de Illumina usan una complicada amplificacion por polimerasa para aumentar la intensidad de la senal, realizan mediciones de bases fsfodiester el ciclo de extension de la secuencia limitante de la tasa y tienen longitudes de lectura limitadas debido a los errores de incorporacion que degradan la senal de medicion con respecto al ruido proporcionalmente a la longitud de lectura.

Both approaches as Illumina uses a complicated polymerase enalce to increase fosfodiesher strength, perform measurements of bases during the extension cycle limiting fisfodiester rate and have lengths limited reading because the misincorporations that degrade the measurement signal to noise ratio in proportion to the read length.

Applied Biosystems usa ligacion de terminacion reversible en vez de secuenciacion por smtesis para leer el ADN.

Applied Biosystems using ligation instead of reversible termination sequencing DNA smtesis to read. Al igual que el secuenciador del genomala tecnologfa usa PCR en emulsion basada en perlas para amplificar la muestra. Like the sequencer genome, tecnologfa uses PCR to amplify bead-based emulsion sample. Como la mayona de las perlas no llevan productos de PCR, los investigadores usan a continuacion una etapa de enriquecimiento para seleccionar perlas recubiertas con ADN.

Las perlas recubiertas con biotina se extienden y se inmovilizan sobre una matriz de portaobjetos de vidrio cubierta con estreptavidina.

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Biotin-coated beads and extend immobilized on a matrix of glass slide coated with streptavidin. A continuacion, las perlas inmovilizadas se ejecutan a traves de un proceso de hibridacion de sondas 8-meras cada una marcada con cuatro colorantes fluorescentes diferentesligacion y escision entre las bases 5a y 6a para crear un sitio para la siguiente ronda de ligacion.

Then, the immobilized beads are executed through a process of hybridization probes 8-mer each labeled with four different fluorescent dyesligation and cleavage between the 5th bases and 6a to create a site for the next round of ligation.

Cada sonda interroga a dos bases, en las posiciones 4 y 5, usando un sistema que codifica 2 bases, que se registra por una camara. Each probe interrogates two bases, in the 4 and 5 positions using a system encoding two bases, which is recorded by a camera. Similar al enfoque de Illumina, la longitud de lectura promedio para la plataforma Solid de Applied Biosystems es inferior a 40 nucleotidos. Similar to the approach of Illumina, length average reading for the Applied Biosystems Solid platform is less than 40 nucleotides.

Estan siendo desarrollados otros enfoques para evitar el tiempo y gasto de la etapa de amplificacion de la polimerasa midiendo moleculas individuales de ADN directamente.

Other approaches are being developed to avoid the time and expense of the amplifier stage polymerase measuring individual DNA molecules directly. Esta tecnica se enfrenta a los retos de separar las senales de bases que estan separadas por menos de un nanometro y por una accion de incorporacion de polimerasa que tendra variacion estadfstica muy grande. This technique is facing the challenges of separate signals bases they are separated by less than one nanometer and an action of polymerase incorporation of variation will have very large estadfstica.

Un proceso que es desarrollado por LingVitae secuencia ADNc insertado en vectores plasirndicos inmovilizados. El proceso usa una enzima de restriccion de clase IIS para escindir el acido nucleico diana y ligar un oligomero en la diana.

The process uses a restriction enzyme to cleave the IIS class target nucleic acid and bind a target oligomer. Normalmente, uno o dos nucleotidos en los nucleotidos protuberante de 5′ o 3′ terminales generados por la enzima de restriccion determinan cual de una biblioteca de oligomeros en la mezcla de ligacion se anadira al extremo cortado pegajoso de la diana.

Typically, one or two nucleotides in the overhang nucleotides of 5 ‘or 3’ terminal generated by the restriction enzyme which determine a library of oligomers in the ligation mixture is added to the sticky cut end of the target.

Each oligomer contains “signal” sequences that uniquely identify at the nucleotide s it replaces. Entonces se repite el proceso de escision y ligacion. La nueva molecula se secuencia entonces usando marcas espedficas para los diversos oligomeros.

The new molecule is then sequenced using espedficas marks for the various oligomers.

The product of this process is called a “polymer of design” and always consists of a longer nucleic acid one by substitution for example, a target sequence of dinucleotide is substituted by a polynucleotide sequence “extended” of no less than base pairs.

Una ventaja de este proceso es que la hebra del producto de duplex puede amplificarse si se desea. An advantage of this process is that the product duplex strand can be amplified if desired. Una desventaja es que el proceso es necesariamente dclico y la continuidad del molde se perdena si se hicieran multiples cortes de restriccion simultaneos.

A disadvantage is that the process is necessarily dclico and continuity mold perdena if multiple cuts were made simultaneous restriction.

La patente de EE. Se usa una modificacion del metodo de Sanger, con oligomeros terminados en el extremo como sustratos, para construir escaleras de secuenciacion por electroforesis en gel o cromatograffa capilar. Aunque el acoplamiento de oligomeros por ligacion de extremos es muy conocido, el uso de una polimerasa para acoplar oligomeros en un proceso dirigido por molde se utilizo como una nueva ventaja.

Although the coupling ends by ligating oligomers is well known, the use of a polymerase to couple oligomers in a process directed by mold was used as a new edge. Se espera que las tecnicas de polimerizacion crezcan en potencia a medida que las polimerasas modificadas y ligasas esten disponibles mediante ingeniena genetica y bioprospeccion, y ya se conocen metodos de eliminacion de actividad de exonucleasa por modificacion de polimerasas.

It is expected that polymerization techniques grow in power as modified polymerases and ligases become available through genetic ingeniena and bioprospecting, and removal methods and exonuclease activity are known modification polymerases.